改革开放以来，随着工业化进程加快，经济发展与资源环境之间的矛盾凸显，一度导致某些地区水污染异常严重。自1984年《水污染防治法》颁布以来，各地集中力量开展“三河三湖”等重点流域综合整治。尽管水环境突出问题在多方努力下有所缓解，但是水污染仍未得到根本遏制。2007年，以江苏南部太湖蓝藻事件为代表的多地水污染突发公共事件敲响了生态警钟。继续以牺牲环境为代价换来GDP的方式势必难以为继，同时也凸显出原有流域管理机制的困境。河湖作为典型公共产品，其负外部性难以得到有效解决，水体治理与保护进展较为缓慢。

水生态环境保护存在诸多突出问题和短板，任务十分繁重，形势依然严峻。一些城市和园区环境基础设施欠账较多，生活污水管网不配套、雨水管网混错接、污泥处置能力不足等现象不同程度存在。一些地方重要生态空间过度开发，部分地区河湖出现断流干涸现象，一些河湖因人类活动导致人进湖退、湿地萎缩、自然岸线减少，水生态破坏现象比较普遍。太湖、巢湖等重点湖泊水华频发高发的态势仍未改变，一些江河沿岸高环境风险工业企业密集分布，水环境风险不容忽视，如期完成碧水保卫战目标任务十分艰巨。

修复水生态系统，要通过连接河道、湖泊中产生者―消费者―还原者的生物链，并积极地、经常不断地进行必要的干预，促使其达到平衡。

水生态修复目标应该建立在水生态状况评估的基础上。根据生态系统完整性原则，水生态状况的评价是对生态要素的评价，生态要素包括水文、地貌、水体物理化学特征、生物组成与结构4个方面。各生态要素需进一步分解为能够代表生态系统结构与功能的若干生态指标。需要建立水生态参照系统，即生态系统理想状态。根据现场调查监测数据，可以确定生态现状与参照系统的偏离程度，掌握水生态系统整体以及各生态要素的退化程度，明确水生态修复目标。根据水生态修复目标，通过建立的水生态状况分级系统，进一步把规划的生态指标定量化。

无论是河流还是湖泊，确定生态修复目标和指标的原理都是一样的。但是河流与湖泊的自然特征不同，因人类活动影响产生的后果也不同。

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